循環水的水質和運行溫度超過一定指標是造成真空泵結垢的主要原因。水質指標中，尤以水的硬度影響更大。為此，必須盡可能降低水的硬度，控制循環水的工作溫度，才能解決真空泵結垢的問題。
分析循環水在真空泵中的運行過程，與低壓熱水鍋爐中鍋水運行過程極其相似。因此，按照熱水鍋爐水質標準來管理真空泵水質，既可防止真空泵結垢又可防止真空泵腐蝕。
水垢由于負溶解度溫度系數的鹽性物質在循環水水溫的增高溶解度降低，析出沉淀而生成。真空泵中含有硬度成分的循環水進入，并且水環由于泵體的旋轉做工發熱，水垢由溶劑在水中的重碳酸鹽分解出難溶于水的沉淀而生成。
循環水中原來溶解度較大的鹽類，在真空泵運行過程中，和其它鹽類相互反應生成難溶物質形成沉淀結成水垢。由于循環水不斷做功發熱，不可避免地要產生蒸發和濃縮，使水中溶解鹽的濃度不斷增大，達到飽和時析出沉淀形成水垢。
正常的供水量受到影響時，就需要減小過水斷面、增加水流阻力、使熱交換的效率降低，導致鹽垢生成的速度加快，這就是污垢的危害所在。嚴重時會造成垢下腐蝕，真空泵的聲音和效率甚至是葉輪事故停機等都會受到影響。對于污垢的來源，要在實際的工作中認真的研究。
真空泵循環水系統大都是敞開式循環系統，回水率比較高。在因資金等原因不采用離子交換設備進行水處理的情況下，一般利用一個軟化水池加一個高位水池對真空泵進行供水。
